Свято-Троицкий монастырь был основан в устье реки Кола в 1540 году преподобным Феодоритом Кольским: – «…на устье Кола реки созидает монастырь», ставит «церковь во имя Пребезначальной Троицы и, собрав братию, дает им Устав». (А. Курбский).
В 1742 году монастырь был приписан к Соловецкой обители.
В 1764 году во исполнение Указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель монастырь был упразднен, его земли отошли местным крестьянам.
В 2008 году образуется подворье Трифонов-Печенгского монастыря в г. Мурманске неподалеку от места бывшего Свято-Троицкого монастыря.
23 июня 2014 года в связи с образованием Мурманской митрополии, подворье преобразуется в Архиерейское Феодоритовское подворье.
11 марта 2020 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви на месте Архиерейского подворья был открыт Свято-Троицкий Феодоритов Кольский мужской монастырь г. Мурманска, и его игуменом назначен иеромонах Трифон (Михайловский) (журнал №26).
17 июля 2020 года в связи с особой значимостью обители определением Священного Синода Русской Православной Церкви (журнал №44) митрополит Мурманский и Мончегорский Митрофан (Баданин) назначен Священноархимандритом Свято-Троицкого Феодоритова Кольского мужского монастыря г. Мурманска